Передний зал предназначался для всех верующих, а задний — исключительно для монашек, которым строго запрещалось выходить за разделительную стену; участвовать в богослужении они могли только через зарешёченное окошко в арке над алтарём. Позднее, по указанию архиепископа Карло Борромео, и без того небольшое окошко сделали ещё меньше, чтобы сделать монастырский режим ещё более строгим.
Другая особенность этой церкви — впечатляющие фресковые росписи, начатые в первые десятилетия XVI в. художниками, принадлежавшими к школе Леонардо, и продолженная по инициативе могущественного рода Бентивольо, обратившегося к художнику Бернардино Луини и оплатившему большинство элементов декора в этом храме.
Луини, любимчик аристократии тех времён, создал значительную часть росписей в этой церкви, и именно из-за этих шедевров её с полным основанием прозвали «Сикстинской капеллой» Милана.
Яркие росписи полностью покрывают все стены здания и иллюстрируют жития святых, историю Страстей Христовых, а также повседневную жизнь придворных (например, на портретах членов рода Бентивольо), покровительствовавших художникам.
- История здания: монастырь был упразднён в 1798 г. В ходе XIX в. здание служило сначала казармой, затем — помещением женской школы, а ещё через некоторое время — военного госпиталя. Позднее, согласно градостроительному плану, главный клуатр монастыря был снесён, а в ходе бомбардировок Второй мировой войны второй клуатр также был частично разрушен.
- Любопытные детали: cудя по дате, высеченной на одном из камней, обнаруженных в апсиде, строительство нынешнего здания храма началось в 1503 г. На месте первоначального зарешёченного окна поместили алтарный образ «Поклонение волхвов», который находится там и поныне. Четверо дочерей из рода Бентивольо стали монашками в Сан-Маурицио, одна из них — Алессандра — даже стала настоятельницей.
- Музыка в Сан-Маурицио: одно из знаменитых сокровищ храма — орган 1554 г. В церкви проходят культурные мероприятия и концерты высокого уровня — например, в рамках программы международного фестиваля старинной музыки «Milano artemusica».